...
Alex Buerkle used the complicated TN spreadsheet to create a list of tubes that need to be amplicon sequenced. Shannon Harris had already arranged the tubes they had sent and transcribed the hand written labels into a spreadsheet and added them to 96 tube racks. I attempted to reconcile the tobeplated list from Alex’s data manipulation with this using this r-script and these data. I was able to locate 293 of the 303 tobeplated tubes and created a pull list. I found one transcription error. There are still 10 tubes I could not locate:
Site_101_Soil_3 |
Site_102_Soil_29 |
Site_102_Alf_Epi_7 |
Site_102_Trans_Epi_7 |
Site_111_Alf_Epi_10 |
Site_111_Trans_Epi_1 |
Site_127_Trans_Epi_9 |
Site_129_Alf_Epi_5 |
Site_129_Alf_Epi_25 |
Site_130_Alf_Epi_30 |
I tried to delve into the data to see if I could locate these 10 samples. I did not have any luck. I do not think it is a transcription error when I anti joined samplesInSites against our spreadsheet and then the spreadsheet against samplesInSites there was no easily discernible pattern. The list of sites between the 2 even disagreed. And, there were 212-228 disagreements.
212 samples from the transcribed list do not match anything in samplesInSites (an R object that reflects the spreadsheets that came from Tennessee). These are in DisputedTubes in the R workspace.
To make progress understanding where these samples might have come from, I looked at what there sample type was:
table(gsub("^Site_[[:digit:]]+(.*)[[:digit:]]+$", "\1", DisputedTubes$Sample))
| Code Block |
|---|
_Alf_Epi Alf_Epi Site_129_Alf_Epi_5_ Soil
1 89 1 16
Trans_Endo Trans_Epi
74 31 |
Sites with Tube Samples Not Matching from TN spreadsheet | Sites with Tube Samples Not Matching from our spreadsheet |
|---|---|
101 | 101 |
102 | |
103 | |
104 | |
107 | |
108 | |
109 | |
110 | |
111 | |
116 | |
127 | |
128 | |
129 |
So, something is still fishy with the TN spreadsheet concerning tubes.
| View file | ||
|---|---|---|
|
| View file | ||
|---|---|---|
|
Samples in transcribed list but not TN list:
...
GTL Plate Name
...
modmodsamplename
...
well
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Trans_Endo_6
...
G3
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_109_Trans_Endo_1
...
H3
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_109_Trans_Endo_3
...
B4
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Trans_Endo_10
...
D4
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_1
...
F4
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_6
...
H4
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_125_Trans_Endo_4
...
A5
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_109_Soil_21
...
B5
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_108_Soil_20
...
D5
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_125_Trans_Endo_3
...
E5
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_4
...
F5
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_2
...
H5
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_104_Trans_Endo_6
...
A6
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_134_Trans_Endo_9
...
D6
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Trans_Endo_9
...
E6
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_109_Soil_23
...
H6
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_116_Trans_Endo_8
...
B7
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_120_Soil_29
...
D7
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_116_Trans_Endo_7
...
E7
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_134_Trans_Endo_8
...
G7
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_104_Trans_Endo_1
...
H7
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_101_Soil_13
...
A8
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_126_Trans_Endo_7
...
D8
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_10
...
A9
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_104_Trans_Endo_9
...
C9
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_125_Trans_Endo_9
...
F9
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_109_Soil_12
...
G9
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_104_Trans_Endo_5
...
H9
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Soil_3
...
C10
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Trans_Endo_7
...
D10
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_116_Trans_Endo_10
...
E10
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Trans_Endo_5
...
G10
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_8
...
A11
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_110_Soil_4
...
E11
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_103_Trans_Endo_5
...
G11
...
ALF_PLT21_TN
...
Site_109_Trans_Endo_7
...
B12
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_4
...
B1
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Alf_Epi_4
...
C1
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_12
...
A2
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Alf_Epi_24
...
F2
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Trans_Epi_9
...
H2
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_24
...
A3
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_26
...
G3
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Trans_Epi_9
...
D4
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Alf_Epi_29
...
F4
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_2
...
D5
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_30
...
E5
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Alf_Epi_21
...
G5
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_17
...
A6
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Alf_Epi_22
...
B6
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_3
...
C6
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_29
...
D6
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_6
...
F6
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Trans_Epi_1
...
H6
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_10
...
A7
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Trans_Epi_1
...
E7
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_25
...
G7
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_4
...
F8
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_24
...
A9
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_10
...
C9
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_20
...
D9
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_18
...
E9
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_107_Alf_Epi_12
...
H9
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_1
...
C10
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_14
...
G11
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Trans_Epi_7
...
A12
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_105_Alf_Epi_15
...
C12
...
ALF_PLT22_TN
...
Site_106_Alf_Epi_5
...
D12
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_108_Soil_1
...
B1
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_104_Trans_Endo_4
...
F1
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_5
...
A2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_9
...
B2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Trans_Endo_2
...
C2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_108_Soil_17
...
D2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_116_Trans_Endo_3
...
F2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_3
...
G2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_116_Trans_Endo_9
...
H2
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_6
...
A3
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_1
...
C3
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_5
...
D3
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Soil_7
...
E3
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_10
...
G3
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_4
...
H3
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_6
...
A4
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_104_Trans_Endo_10
...
B4
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_110_Trans_Endo_3
...
D4
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_116_Trans_Endo_6
...
E4
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_125_Trans_Endo_7
...
G4
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_1
...
H4
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_4
...
E5
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Trans_Endo_4
...
F5
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_103_Trans_Endo_3
...
G5
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_126_Trans_Endo_2
...
H5
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_116_Trans_Endo_5
...
C6
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_110_Soil_27
...
D6
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Trans_Endo_8
...
G6
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_2
...
D7
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_110_Trans_Endo_1
...
E7
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Trans_Endo_9
...
F7
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_110_Soil_13
...
A8
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_103_Trans_Endo_7
...
C8
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_125_Trans_Endo_6
...
E8
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_108_Soil_8
...
G8
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_134_Trans_Endo_7
...
H8
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_104_Trans_Endo_7
...
C10
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_125_Trans_Endo_10
...
F10
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_103_Trans_Endo_9
...
H10
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_110_Trans_Endo_2
...
A11
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Trans_Endo_10
...
E11
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_116_Trans_Endo_4
...
F11
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_109_Soil_22
...
G11
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_104_Trans_Endo_3
...
E12
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_104_Trans_Endo_8
...
G12
...
ALF_PLT23_TN
...
Site_107_Alf_Epi_21
...
H12
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Trans_Epi_2
...
A1
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_9
...
C1
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_129__Alf_Epi_25
...
G1
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_11
...
F2
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Alf_Epi_13
...
H2
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_23
...
A3
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_2
...
B3
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Alf_Epi_26
...
C3
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_28
...
H3
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_18
...
D4
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_10
...
G4
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_11
...
D5
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_27
...
B6
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_17
...
G6
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_13
...
B7
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_28
...
F7
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Alf_Epi_3
...
G7
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_7
...
D8
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Trans_Epi_7
...
G8
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Alf_Epi_8
...
C9
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Trans_Epi_6
...
F9
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Trans_Epi_3
...
G9
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Alf_Epi_6
...
E10
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Trans_Epi_10
...
F10
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Trans_Epi_3
...
G10
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_105_Trans_Epi_9
...
C11
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Trans_Epi_2
...
G11
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Alf_Epi_18
...
H11
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_106_Trans_Epi_2
...
A12
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Alf_Epi_19
...
E12
...
ALF_PLT24_TN
...
Site_107_Alf_Epi_28
...
H12
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_16
...
B1
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_30
...
C1
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Trans_Epi_8
...
D1
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Trans_Epi_10
...
E1
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_9
...
B2
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_7
...
C2
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_7
...
F2
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_3
...
H2
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Trans_Epi_7
...
B3
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_120_Trans_Epi_7
...
H3
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_23
...
A4
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Trans_Epi_8
...
B4
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_29
...
F4
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_21
...
G4
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_20
...
H4
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_16
...
B5
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_11
...
F7
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_1
...
G7
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_5
...
H7
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_9
...
G8
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_8
...
H8
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_23
...
A9
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_22
...
D9
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_13
...
G9
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_16
...
B10
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Trans_Epi_10
...
C10
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_30
...
D10
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Trans_Epi_4
...
B11
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_106_Alf_Epi_15
...
F11
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Alf_Epi_8
...
G11
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_14
...
A12
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_105_Trans_Epi_3
...
B12
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_107_Alf_Epi_20
...
G12
...
ALF_PLT25_TN
...
Site_129_Alf_Epi_5_
...
H12
...
ALF_PLT26_TN
...
Site_105_Alf_Epi_22
...
A1
Samples in TN list, but not transcribed one:
...
Site
...
samplename
...
container
...
modsamplename
...
modmodsamplename
...
102
...
17
...
Tube
...
Alf Endo 17
...
Site_102_Alf_Endo_17
...
102
...
18
...
Tube
...
Alf Endo 18
...
Site_102_Alf_Endo_18
...
102
...
19
...
Tube
...
Alf Endo 19
...
Site_102_Alf_Endo_19
...
102
...
20
...
Tube
...
Alf Endo 20
...
Site_102_Alf_Endo_20
...
102
...
21
...
Tube
...
Alf Endo 21
...
Site_102_Alf_Endo_21
...
102
...
22
...
Tube
...
Alf Endo 22
...
Site_102_Alf_Endo_22
...
102
...
23
...
Tube
...
Alf Endo 23
...
Site_102_Alf_Endo_23
...
102
...
24
...
Tube
...
Alf Endo 24
...
Site_102_Alf_Endo_24
...
102
...
25
...
Tube
...
Alf Endo 25
...
Site_102_Alf_Endo_25
...
102
...
26
...
Tube
...
Alf Endo 26
...
Site_102_Alf_Endo_26
...
102
...
27
...
Tube
...
Alf Endo 27
...
Site_102_Alf_Endo_27
...
102
...
28
...
Tube
...
Alf Endo 28
...
Site_102_Alf_Endo_28
...
102
...
29
...
Tube
...
Alf Endo 29
...
Site_102_Alf_Endo_29
...
102
...
30
...
Tube
...
Alf Endo 30
...
Site_102_Alf_Endo_30
...
102
...
Soil 29
...
Tube
...
Soil 29
...
Site_102_Soil_29
...
102
...
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